在战火纷飞的中世纪王国中，手握利剑的斯嘉丽公主为替父报仇毅然踏上征途，却以失败收场。当她再次醒来时，发现自己身处神秘的“死者之国”。在那里，她邂逅了一位来自现代的理想主义青年；他的善意与慈悲，动摇了她心中根深蒂固的仇恨。当杀父仇敌再度现身，斯嘉丽必须做出抉择：是继续执念于复仇，还是寻找到仇恨之外的人生意义。

故事发生在夏亚引领吉翁公国军赢得一年战争的平行宇宙。这一历史转折点导致地球联邦与吉翁公国的势力格局剧变。在空中宇宙殖民卫星生活的女高中生天手让叶，与难民少女尼娅安相遇后被卷入非法MS决斗竞技“军团战”，她驾驶着神秘最新型MS“GQuuuuuuX（吉夸克斯）”投身其中，而被通缉的神秘MS“高达”驾驶员修司伊藤也出现在她们面前。自此，少女与少年的相遇，梦想就此交织，宇宙世纪开启了新的未来......

故事发生在以音乐为中心、次文化兴盛的涩谷，与能映射出人们内心“真正的心愿”的「世界」中。某天，一直用音乐给人们带去力量的虚拟歌手初音未来，发现自己的歌声无论怎样都无法传达出去……而一群在「世界」中追寻音乐梦想的少年少女们与初音未来相遇，共同寻找着可以让初音未来“将歌声传达出去”的方法。