一个神秘中年男子醉酒后袭击了一台自动售货机和便利店店员，被警方拘留。他声称自己拥有超能力，并预测东京将有炸弹。从秋叶原爆炸事件算起，他预测接下来还会有三次爆炸，间隔一小时。随后，他一边回避着警察的询问，一边问一些有关炸弹的神秘“问题”。

蝙蝠侠和他的盟友们从过去回来后仅仅一天就发现世界已经和他们离开时大不相同了。整个日本岛不复存在，正义联盟的英雄们也不复存在。但他们还没来得及弄清楚发生了什么，黑帮就开始从天而降。

京平是日本一个名为“SEEK”的秘密非政府间谍组织的刺客，他的女友在一场悲惨的空难中丧生，他正沉浸在失去爱人的悲痛之中。此时，“SEEK”的领导人三云亮联系他，委托他执行一项紧急任务：营救一名同事，找回一种名为“RDX@”的新型高爆炸性液体，并阻止残暴的黑道头目小月惣治郎及其团伙控制日本。虽然人们一度认为忍者已经消失……但新一代的刺客依然存在，他们守护着日本和一切正义；忍者即将回归。

这部根据垣根凉介同名小说改编的真人电影，是一部以应仁之乱前夕的京都为舞台，充满刺激的娱乐作品。影片讲述了日本历史上第一位率领起义的武士莲田兵卫，以及他身边的“不法之徒”们，与强者对抗、斗争的故事。