随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
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讲述可自由变换与行动的12只谜样深悟，与来自地狱的使者共同出现在人间界，住在人类三姊妹的家中秘密实行将人间界变成地狱的计划。
战国时代和幕府时代曾经盛极一时的日本忍者，因为战败而强迫解散组织，似乎从历史中消失。然而事实上，多达20万人的忍者至今依旧暗中存在，秘密监视着过敏。貌不惊人的云隐九郎（坂泰斗 配音）每天半死不活待在家里，看起来就是一个纯纯的废柴，其实他是一个身怀绝技的忍者。某天，冒充成快递员的上级找上门来，派他前往某高中与死对头的忍者部队作战。沉寂太久的云隐总算被组织唤醒了，但是这个任务并不是结束，反而是一系列大事件的开始……本片改编自花泽健吾创作的同名漫画作品
